本會架構圖：

　　香港肌健協會最高權力機構為一年一度的會員大會，日常會務由八人組成的執行委員會負責，在2003-2005年度當中，八位執行委員全為肌肉萎縮症患者。

　　顧問團由三十人組成的，多為專業人士，為本會提供會務發展的專業指導。此外，香港肌健協會亦與香港復康會社區復康網絡保持緊密的伙伴關係，為本會提供很多支援及顧問服務。

職員之職級及數目

• 香港肌健協會現有全職員工3名，兩人為註冊社工，1人為活動助理。
• 一名社工主要負責樂施會撥款項目、運動神經細胞疾病病類小組，並協助會務發展 。
• 另一名社工負責統籌地區小組、其他肌肉萎縮症病類小組，並協助會務發展 。